- En 1536, c’est l’occupation, par les Bernois du général Naegeli, sans effusion de sang, de Lausanne et du Pays de Vaud. [Administration Bernoise du Pays de Vaud]. Prétexte de cette intrusion : a) les affaires de Genève ; b) la déclaration de guerre au duc de Savoie. L’évêque replié à Ripaille (rive de Savoie), les Bernois sans coup férir occupent le palais Saint-Maire.

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Le régime bernois se prolongera jusqu’en 1798. Leurs Excellences se mirent en devoir d’installer un bailli (au Château) ; elles procédèrent à de multiples réformes et firent de la Cathédrale un lieu de culte réformé. Deux églises sont ainsi seules maintenues : Notre-Dame et Saint-François.

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- Dans tout le pays, des baillis résident. Des transformations sont apportées à la vie agricole. Les bourgeois n’occupent plus que des charges secondaires. Ce qui explique l’enrôlement volontaire dans les armées du roi de France et sous les drapeaux de Hollande, de quantité de Vaudois d’extrace diverse, bientôt qualifiés, à Paris, d’ »alliés », et non de simples « mercenaires ».

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- En lieu et place des anciennes écoles, les Bernois créèrent l’Académie (1537), pour commencer dotée essentiellement d’auditoires de théologie. Un Collège fut aussitôt accaparé par des centaines d’élèves.

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- Les autorités civiles sont également sujettes pour leur part à de nombreuses transformations : désignation d’un bourgmestre unique, flanqué d’un boursier et d’un « maisonneur », soit un directeur des travaux publics. Au Conseil des Vingt-quatre (Municipalité) puis à celui des Soixante (Conseil communal), adjonction d’un Conseil des Deux Cents. Nouvelle Cour de justice.

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Désignation d’un « contrôleur général » (à l’occasion lieutenant baillival) choisi dans les rangs des aristocrates indigènes. Ce personnage disposait du droit de veto.

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- Le régime bernois ne compta pas des partisans résignés seulement. En 1564, après restitution du Chablais au duc de Savoie, ce dernier renonça désormais à toute domination du Pays de Vaud. Pourtant… la Savoie sut conserver des intelligences dans la place. En 1588, le bourgmestre Isbrand Daux et son adjoint, le juge Michel de Saint-Cierges, se déclarèrent prêts à favoriser un débarquement des forces savoyardes en vue d’une nouvelle conquête du Pays de Vaud. Mais le propre neveu du bourgmestre avertit du complot le bailli. Les principaux conjurés s’enfuirent en Savoie ; leurs comparses moins prévoyants furent exécutés.

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- Nouvelles alertes lors de la première guerre des paysans de Villmergen (Argovie) en 1656. Les Lausannois furent mal récompensés de l’appoint prêté aux troupes bernoises engagées dans cette campagne. Les occupants prirent prétexte des prétendues menées pro-savoyardes du bourgmestre J.-B. Seigneux pour restreindre les libertés civiques, déjà minces, des Lausannois.

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- Un ancien officier au service de Hollande, Jean-Abram Davel, notaire à Cully et major du bataillon de Lavaux, se mit en tête de libérer les Vaudois ses frères. Le 31 mars 1723, sous le prétexte d’une inspection, il emmène ses six cents hommes à Lausanne. Ayant avec franchise exposé son plan au Conseil de Ville – qui lui réserva un accueil courtois – il fut trahi, arrêté et condamné à avoir la tête tranchée (exécution à Vidy : le 24 avril 1723). Approuvé en silence par plusieurs, Davel paya de sa vie la faute qui consiste à avoir raison « trop tôt ». Les Bernois ne tinrent à cette occasion aucun compte des services rendus par le loyal combattant de la seconde guerre de Villmergen.